Ο ναός ήταν αρχικά το καθολικό μιας μικρής μονής πάνω από τον βράχο. Δεν υπάρχουν πληροφορίες για την ιστορία του ναού.
Μέσα στην σπηλιά, κάτω από τον ναό είχε βρεθεί μια εικόνα της Παναγίας, η οποία θεωρήθηκε θαυματουργή. Ιδρύθηκε ένας μικρός ναός μέσα στη σπηλιά με μικρό νάρθηκα έξω από αυτή, γύρω στο 1671 από τον μοναχό Αθανάσιο Γκίνη.
Ο ναός ιδρύθηκε μετά τα μέσα του 17ου αιώνα ως τμήμα μιας μικρής μονής. Δεν υπάρχουν πληροφορίες για την ιστορία του ναού και της μονής. Κάποια στιγμή στις αρχές ίσως του 20ού αιώνα η μονή εγκαταλείφθηκε, αλλά ο ναός λειτουργούσε ως ιδιωτικός. Στις μέρες μας ανήκει στην οικογένεια Καλλίνικα, η οποία ανέλαβε να αποκαταστήσει τις ζημιές που υπέστη ο ναός μετά τους σεισμούς του 1953 και του 2006.
Ο ναός είναι μια μονόκλιτη βασιλική με την κύρια είσοδο στην βόρεια πλευρά, ανάμεσα σε δυο παράθυρα, ενώ δυο μικρότερα ανοίγονται στα άκρα. Την ίδια διαμόρφωση έχει και η νότια πλευρά. Στα δυτικά ανοίγεται μόνο μια δευτερεύουσα θύρα.
Στον Καλλιπάδο λειτουργεί παράλληλα ο ενοριακός ναός του Παντοκράτορα και ο ιδιωτικός ναός του Ιωάννη Πρόδρομου του Βούλτσου.
Πηγές
- Λ.Ζώης, Ιστορία της Ζακύνθου, Αθήνα 1955
- Ντ.Κονόμος, Εκκλησίες και μοναστήρια στη Ζάκυνθο, Αθήνα 1967
- Ντ.Κονόμος, Ζάκυνθος (Πεντακόσια χρόνια 1478 – 1978).
- Τόμος Δεύτερος, Ύπαιθρος Χώρα, Αθήνα 1979