Ο ναός ιδρύθηκε το 1518, ως ένας μικρός ενοριακός. Το 1747 μετά από καταστροφές που υπέστη από σεισμούς χτίζεται στην θέση του ένας νέος μεγαλύτερος και μεγαλόπρεπος ναός που πλέον έχει τον τίτλο της Καθολικής Μητρόπολης της Ζακύνθου. Καταστρέφεται όμως ολοσχερώς από τον σεισμό του 1953 και αντικαθίσταται από ένα μικρότερο.
Στον ναό του Αγίου Μάρκου φυλασσόταν μικρό τμήμα του ιερού λειψάνου του αγίου Σπυρίδωνα, το οποίο κατά την εορτή του αγίου εκτίθετο προς προσκύνηση των πιστών.
Στην θέση του ναού του αγίου Μάρκου στην ομώνυμη πλατεία της Ζακύνθου είχε ιδρυθεί ήδη από το 1518 ένα μικρό εκκλησάκι αφιερωμένο στον άγιο. Το 1639 δίπλα του κατασκευάζει ο καθολικός επίσκοπος Κωνσταντίνος δε Ρώσση ένα άλλο ομώνυμο ναό. Και τα δυο κτίρια το 1747 είναι ετοιμόρροπα από τους σεισμούς, οπότε και αντικαθίστανται από ένα μεγαλύτερο λατρευτικό κτίριο, έργο του επισκόπου των Καθολικών και ιστοριογράφου της Ζακύνθου Βαλτασάρ Μαρία Ρεμοντίνι με δωρεές και Ζακυνθινών. Πρόκειται για ένα μεγάλο και ευρύχωρο ναό που θα ονομαστεί Καθολική Μητρόπολη της Ζακύνθου, τίτλο που νωρίτερα κατείχε ο ναός του Σωτήρα στο Κάστρο. Μετά τον καταστραφικό σεισμό του 1893, ξεκινούν εργασίες ανακαίνισης που ολοκληρώνονται στις 20 Οκτωβρίου 1894. Το 1953 όμως ο ναός μαζί με το επισκοπικό μέγαρο των καθολικών που βρισκόταν δίπλα του κατέρρευσαν και στην θέση τους κτίστηκε νέος, αλλά μικρότερος ναός. Ο ναός σε όλες τις οικοδομικές του φάσεις ακολουθούσε τον τύπο της μονόκλιτης βασιλικής. Ο ναός που σήμερα είναι ορατός είναι μικρός και λιτός, ενώ το ιερό βρίσκεται στα δυτικά και η είσοδος στα ανατολικά. Στα βόρεια της εισόδου βρίσκεται το απλό κωδωνοστάσιο που είναι χαμηλό με τοξωτά ανοίγματα.
Πηγές
- Λ.Ζώης, Ιστορία της Ζακύνθου, Αθήνα 1955
- Ντ.Κονόμος, Εκκλησίες και μοναστήρια στη Ζάκυνθο, Αθήνα 1967
- Δ.Ζήβας, Η Αρχιτεκτονική της Ζακύνθου από τον ΙΣΤ΄ μέχρι τον ΙΘ΄ αιώνα, Αθήνα 1970
- Ντ.Κονόμος, Ζάκυνθος (Πεντακόσια χρόνια 1478 – 1978). Τόμος Πρώτος, Καστρόλοφος και Αιγιαλός, Αθήνα 1979
- Ντ.Κονόμος, Ζάκυνθος.Πεντακόσια χρόνια (1478 – 1978). Τέχνης Οδύσσεια, Τ.5, τεύχ.Β΄, Θρησκευτική τέχνη.
- Αρχιτεκτονική – Ξυλογλυπτική – Αργυρογλυπτική, Αθήνα 1989
- Μ.Σκιαδαρέση – Στ.Πισκαρδέλης, Ζάκυνθος. Ιστορία, Λαογραφία, Τέχνη, Περιήγηση, Αθήνα 1993
- W.L.Salvator, Ζάκυνθος (μετ.Α.Αρμένη-Τσουκαλά), Ζάκυνθος 1995
- Αρ.Μιχαλόπουλος – Β.Μηνακάκης, Επτάνησα, Αθήνα 2003